由于目前生物物理方法的限制,您是否正在努力表征具有挑战性的分子间结合亲和力?

 

Monolith 为最具挑战性的分子互作提供理想的解决方案,包括三元复合物,浓度低的分子,样品量少的分子,不适合固定的分子,以及其他难于表征的分子。

表征膜蛋白

众所周知,膜蛋白是传统生物物理方法难以表征的分子,如果您想用 SPR 和 ITC 等方法对一定数量的正确折叠有功能蛋白进行生物物理表征,单就优化缓冲液条件就需要做大量的工作。

如果您使用的传统生物物理方法无法表征包括膜蛋白在内的,具有挑战性的分子间相互作用,Monolith 将为您提供帮助。

为什么膜蛋白表征具有挑战性?

Monolith 如何克服这些问题?

如果固定在生物传感器上,蛋白天然构象很难保持

可在溶液中进行检测——在纯化的溶液,或在粗细胞裂解液中直接进行表征。或者在纳米磷脂盘中,用脂质体来维持膜蛋白构象。

呈现低水平表达的特点,所以通常没有足够量的样品用于所有的分析检测

仅需要微量蛋白样品

必须用去垢剂进行分离,导致一些生物物理分析受到影响

可在任何缓冲液中检测分子间相互作用,即使在去垢剂和DMSO溶液中也可进行。


 

表征固有无序蛋白(IDPs)

由于固有无序蛋白(IDPs)无法折叠成均匀的 (3D) 结构,其生物物理特征的表征非常具有挑战性。它们经常参与导致蛋白聚集的非天然分子间相互作用。而传统生物物理方法,如 SPR 需要固定,ITC 则需要高蛋白浓度。

针对上述方法在表征 IDPs 亲和力时存在的局限性,以下是Monolith 的解决对策

为什么IDPs表征具有挑战性?

Monolith 如何克服这些问题?

固定在固体表面会改变它们的构象平衡

在溶液中和低蛋白浓度下完成测定

某些表征方法所需的高蛋白浓度会增加聚集

在溶液中和低蛋白浓度下完成测定

大多数方法无法区分结合和聚合

区分单体、二聚体和较大纤维之间的相互作用

Monolith 测定溶液中小分子与 α-突触核蛋白之间的结合亲和力

在有利于α-突触核蛋白的寡聚体(紫色曲线)或纤维状(蓝色曲线)形式的分析条件下,确定没食子酸酯(EGCG)和 α-突触核蛋白之间的结合亲和力。每个数据集是三个独立实验的平均值。对 Wolff , M., et al. Sci Rep 6, 22829 (2016)中的数据稍作修饰。

Monolith measures binding affinities between a small molecule and α-synuclein in solution.

了解更多有关Monolith如何助力您表征IDPs?

 

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简化了蛋白降解靶向嵌合体 (PROTAC) 的表征

在应对无成药性靶点蛋白方面,PROTACs 具有巨大的治疗潜力。随着 PROTACs 开始在制药公司的研发线上大量涌现,迫切需要找到一种生物物理方法来有效地评估由 PROTACs、泛素 / 连接酶和靶蛋白组成的三元复合物。

Monolith 有助于解决研究人员在研究三元复合物相互作用时所面临的常见问题。

为什么PROTAC表征具有挑战性?

Monolith 如何克服这些问题?

二元和三元复合物相互作用的平衡条件难以控制,影响了协同效应的计算

测定二元和三元复合物的相互作用,控制平衡条件,计算溶液中的协同效应

生物物理检测需要大量的实验方法开发工作

仅使用一种荧光团即可表征三元复合物的所有组分,从而简化了方法开发过程


 

您基于RNA治疗研发的挑战已经是过去时

RNA 分子参与许多引起疾病的细胞过程,因此,它们正成为一类新型的药物靶点。科学家正在应用高通量筛选和合理的设计方法来鉴定影响RNA细胞功能的配体-小分子,先导化合物,酶等。

Monolith可以助力您进行RNA治疗研究。

为什么RNA治疗具有挑战性?

Monolith 如何克服这些问题?

在液流系统中(BLI, SPR, ITC均需液流系统), 很难实现无RNA酶环境

无液流系统,无需遵循特殊的清洗或冲洗规程

RNA易于降解

测定只需要几分钟,所以很容易保持 RNA 完整性

很难分离出足够多的完整 RNA

每次测定只需使用几微升样品


 

使用DNA编码的文库?

如果通过一个简单的实验就可以筛查数十亿,甚至数万亿种化合物来扩展化合物库的化学空间,会怎样?DNA编码库(DEL)可以实现这一点,这要归功于DNA标记,它可以编码该文库中每个成分的身份。经过最初的筛选过程确定hits后,需要使用基于亲和力的生物物理方法对其进行进一步确认。

使用 Monolith,该确认步骤可以自动化完成,并且可以在溶液中用少量样品完成。 利用 Monolith 可以实现从pM 到 mM 广泛的亲和力测定。

Monolith 可帮助您从 DEL hits 筛选中鉴定表观遗传调控因子的有效抑制剂

测定 BAY-850 ( DEL 筛选的hit) 和 ATAD2 (表观遗传调控分子) 之间的分子相互作用。BAY-850 抑制ATAD2与染色质的结合。Kd = 85 nMnM。参考文献: Fernández-Montalván, M. et al., ACS Chem. Biol. 12, 2730 (2017)

Monolith helps identify a potent inhibitor of an epigenetic regulator from a DEL hit screen.

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